想要將Phenom SEM結合其他應用，那麼編程接口是必不可少的工具。您可以藉由用自己編寫的Python自動化或客製化工作流程。借助PPI系統控制Phenom SEM的功能，包含樣品台移動、導航相機、SEM影像擷取設定等等…。

ProSuite 軟體能夠使 Phenom 電子顯微鏡使用者從拍攝的圖像中獲取大量的訊息，延展的SEM功能，滿足特定用戶的需求。 ProSuite 軟體安裝在Phenom 主機上，在不會更改系統狀態下最大程度保持系統的穩定性以及運行速度。
ProSuite軟體適用於Phenom 電子顯微鏡，可透過網路連接Phenom SEM，實現網路儲存以及遠程控制。

孔徑統計分析量測系統能夠輕易獲得SEM圖像中樣品孔徑的分析報告，使用者能收集詳細的孔徑分布及孔徑參數 (粒徑尺寸、長短軸比…)。