ProSuite 軟體能夠使 Phenom 電子顯微鏡使用者從拍攝的圖像中獲取大量的訊息，延展的SEM功能，滿足特定用戶的需求。 ProSuite 軟體安裝在Phenom 主機上，在不會更改系統狀態下最大程度保持系統的穩定性以及運行速度。
ProSuite軟體適用於Phenom 電子顯微鏡，可透過網路連接Phenom SEM，實現網路儲存以及遠程控制。

孔徑統計分析量測系統能夠輕易獲得SEM圖像中樣品孔徑的分析報告，使用者能收集詳細的孔徑分布及孔徑參數 (粒徑尺寸、長短軸比…)。

顆粒統計分析量測系統能夠輕易獲得SEM顆粒圖像分析報告，讓使用者能收集詳細的亞顆粒尺寸及粒度數據。軟體的自動量測功能超越了一般金相顯微鏡的放大倍率，使得粉末設計、研發、品質控管邁入新的高度。

元素分析線面掃描系統是EID軟體中的選配項，能夠顯示出樣品的元素分布情形。使用者可以針對某個點自行設定像素分辨率與擷取時間後進行元素分析。即時掃描功能將立即顯示所選定區域每個點的元素含量與分布情形，在掃描過程中或是結束後都可以新增或是移除自選的元素設定。
元素分析線面掃描系統可以是完整的圖像，也可以自選特定範圍，相較之下更節省時間。也可自選一條線做線的元素分析。
設置好掃描像素數、每個點的停留時間以及循環次數後即可輕鬆的導出完整報告。

3D粗糙度重建系統使Phenom 電子顯微鏡能夠建立樣品3D圖像以及亞微米粗糙度量測。一般的2D影像很難辨識凹痕、刮痕和毛刺，透過3D粗糙度重建系統能夠使更多使用者觀察到這些特徵。
量測平均粗糙度(Ra)和粗糙高度(Rz)在控管產品生產過程是非常重要的一環，相比使用傳統(間接)量測方法，由電子顯微鏡的3D粗糙度重建系統能獲得更多更好的樣品解析資訊。

透過纖維統計分析量測系統，能夠在數秒內得到數百根纖維的量測數值，量測範圍為100 nm~40 um的纖維，能被使用在更廣泛的應用，像是過濾材料、尿布填料、纖維研究以及過濾器生產品管等等。
相對於以往手動量測數值，纖維統計分析量測系統能快速獲得更精確的數值，效率高，操作簡單，更可以測量和分析具有大纖維直徑差異的樣品。

想要將Phenom SEM結合其他應用，那麼編程接口是必不可少的工具。您可以藉由用自己編寫的Python自動化或客製化工作流程。借助PPI系統控制Phenom SEM的功能，包含樣品台移動、導航相機、SEM影像擷取設定等等…。