研究植牙的清潔度，主要的挑戰在於識別長度不超過5~15mm的植體上是否具污染物，作為判斷的必要資訊大多為微奈米等級，以分析植入植體是否潔淨、受污染、或是僅含有少量雜質，進而從中了解可能會對病人造成哪些影響。

對於不同的燈絲源，就性能來說，場發射（FEG）燈絲源生成的高解析圖像最為出色，但是它要求的真空度很高，需要高價的真空設計。因此，對於倍率不需要那麼高的使用者來說，就會更注重能夠以較低成本生成高質量的圖像。這就是為什麼您經常看到鎢燈絲和CeB6燈絲在桌上型電子顯微鏡供應商提供的規格表中。而燈絲的成本效益與它的使用壽命和機台日常維護有關。